예방접종은 감염병 방지에 가장 효과적인 수단으로 알려져 있지만, 때로는 여러 가지 이유로 부작용이 발생하기도 한다.
이에 정부는 ‘감염병의 예방 및 관리에 관한 법률’ 제24조 및 제25조 규정에 의한 예방접종으로 인해 피해를 입었다고 의심될 경우 피접종자 또는 보호자로 하여금 관련 시ㆍ군ㆍ구에 피해보상을 신청토록 하는 ‘예방접종 피해 국가보상’ 제도를 운영하고 있다.
‘감염병관리법’ 24조와 25조에서는 ▲디프테리아 ▲폴리오 ▲백일해 ▲홍역 ▲파상풍 ▲결핵 ▲B형간염 ▲유행성이하선염 ▲풍진 ▲수두 ▲일본뇌염 ▲b형헤모필루스인플루엔자 ▲폐렴구균 ▲인플루엔자 ▲A형간염 ▲사람유두종바이러스 감염증 등을 필수예방접종으로 규정하고 있다.

단, 보상신청은 예방접종 후 이상반응이 발생한 날로부터 5년 이내에 할 수 있다.
또한 예방접종으로 인한 피해로 진료 등을 받아 발생한 비용 중 본인부담금이 30만원 이상인 경우를 보상신청이 가능한 ‘최소 피해 금액’으로 정하고 있다.
피해보상신청서가 제출되면 지방자치단체장은 예방접종으로 인한 피해에 관한 기초조사를 한다.
그 결과를 받는 보건복지부(질병관리본부)는 보상신청 후 120일 이내에 예방접종피해보상 전문위원회를 통해 보상심의를 완료한다.
보상이 결정될 경우 질병관리본부에서 해당 보상금을 보상수급권자에게 지급하게 되는데, 1회에 한해 보상금 지급 여부의 결정과 장애등급의 판정에 대한 이의 신청을 할 수 있다.
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